事业单位在职人员原则上可以兼职做会计，但需合法合规。依据《劳动合同法》，签订劳动合同是保障双方权益的基础，未签合同发生纠纷时，处理将更为复杂，可能影响个人职业声誉及单位正常工作秩序。
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可以兼职，但需合规。具体操作：1. 与兼职单位沟通，明确兼职内容、时间等；2. 签订正式兼职合同，确保权益；3. 遵守事业单位及兼职单位规章制度，避免冲突；4. 如遇纠纷，及时咨询专业律师，依法处理。
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事业单位在职人员兼职会计的常见处理方式是签订兼职合同或协议。选择处理方式时，应优先考虑与兼职单位签订正式合同或协议，明确双方权利义务，以避免潜在的法律风险及纠纷。