补充条款与主合同冲突时，以补充条款为准，但需确保反映当事人真实意思。依据《民法典》第五百一十条，合同内容不明确可协议补充，冲突时补充条款优先，否则按合同或交易习惯。不及时处理可能导致合同执行混乱，权益受损。
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补充条款冲突处理：
1. 确认双方真实意思，以补充条款为准，体现最新合意。
2. 若补充条款不公，可协商调整或按原合同执行。
3. 无法协商时，依据《民法典》求助法律裁决，确保权益。
4. 始终注重合同整体性及交易习惯，保障合同公平有效。
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处理补充条款与主合同冲突，常见方式为确认当事人真实意思，并优先适用补充条款。选择处理方式时，应依据《民法典》相关规定，考虑合同整体及交易习惯，确保公平合理。